一、棚户区和城中村本身存在一定区别
棚户区一般指的是城市中历史遗留的结构简陋、环境拥挤脏乱的破旧简易房屋聚集区，房屋防震抗灾能力和整体卫生状况都较差，人口密度高，被很多人戏称为“中国式贫民窟”，土地性质一般为国有土地，其上居民一般都为城市居民户口。
城中村则是在城市发展过程中被逐渐吸收纳入城市规划范围内或被城市包围的农村，居住环境和房屋状况较棚户区来说普遍更好更新，一般情况下土地性质仍旧为集体土地，居民一般为原住民，仍为农村户口。
二、两者的补偿标准不尽相同
由棚户区和城中村本身存在的诸多差异我们可以基本明确，二者在征收拆迁时的补偿标准和所包含的补偿项目也会因其基本属性的差异有所不同。
由于棚户区土地性质为国有，因此其补偿项目基本可以参照国有土地上房屋征收的补偿项目确认。另外，由于棚户区一般房少人多，常常是多人挤住在面积较小的房屋中，加之房屋本身条件较差，因此在实际征收过程中定价标准常常会低于市价，补偿数额较一般拆迁来说往往较少，一般只能起到改善居民居住条件的作用。
而城中村改造项目，由于土地仍未依法征收归为国有，因此土地属性一般为集体土地，征收过程中一般要结合《土地管理法》相关规定，参照各地关于集体土地上房屋拆迁有关规定，并在一定程度上参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的有关规定进行征收和补偿。除房屋补偿、过渡费、停产停业损失和其他拆迁奖励补偿费用外，补偿项目中还要包括宅基地置换补偿，通常根据各地的具体规定和相关政策采取产权置换(有条件的另批宅基地)、货币补偿或者两者相结合的方式进行补偿。
三、两者在征收过程中各自存在的乱象
由上我们已经基本明确，通常情况下，由于城中村环境、房屋一般较棚户区更好，因此在控制变量的情况下我们可以较为笼统地认为，棚户区改造拆迁补偿一般会低于城中村改造，这也是为什么往往真正的棚户区居民会欢迎改造拆迁，而城中村居民则对拆迁积极性不高，对补偿要求更高。但也因为如此，棚改拆迁和城中村改造拆迁过程中往往会存在为了压低拆迁补偿而发生的种种乱象。
棚户区改造中最常见的就是“补偿条件比低更低”，即拆迁方以棚户区房屋条件差为由，忽视房屋本身的实际情况和个体差异，简单粗暴地将拆迁补偿压低到一个明显不合理的标准，明目张胆地侵犯被拆迁人接受合理补偿安置的权利。
而由于城中村改造补偿标准本应原本较棚改项目更高，地方常常会直接将城中村改造项目归为棚改拆迁范围，并借此压低拆迁补偿。另外，城中村因特殊历史原因，可能会存在大量没有登记或许可缺失的“违法建筑”，这些“违建”并不一定是严格意义上不予补偿的违建，但拆迁方为了压低补偿条件、逃避补偿责任，往往会直接将这些房子认定为违建，试图进行行政强拆，使被拆迁人的拆迁维权徒增更多阻碍。
综上来说，城中村改造和棚户区改造是两个完全不同的概念，被拆迁人在遇到拆迁时应该对被拆迁房屋的属性和项目的性质有一个基本的了解。但不管拆迁项目是何名义，被拆迁人都应该明确，土地房屋征收拆迁的最基本要求是不使被拆迁人的原有生活居住水平因征收拆迁下降。
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