1．项目认定申请和项目设立人、项目认定人
在土地征收程序中，首先需要由项目设立人提出项目认定申请。项目认定申请是由项目设立人根据项目在《土地征收法》中的归类，分别向国土交通大臣或者都道府县知事提出。
根据日本《土地征收法》第3条和第8条第1款的规定，项目设立人是指从事符合征收条件的项目，认为有必要征收相应土地房屋的人，具体是指国家、地方公共团体以及公社、公团、特殊会社等政府相关机关、公益事业从事者、公共组合等。
针对项目设立人申请的项目，作为项目认定机关的国土交通大臣或者都道府县知事，就项目设立人、项目的种类、项目的施行区域等事项分别行使认定权限。例如，当所需认定的项目是由国家或者都道府县作为项目设立人设立的项目，或者施行项目所涉及到的土地跨越两个以上的都道府县地域的项目等《土地征收法》第17条第1款规定的项目时，由国土交通大臣担任项目认定人。除此之外，管辖项目设立地的都道府县知事担任项目认定人。
2．项目认定要件
征收的项目是否能够成立，关键在于该项目是否具有公共性。 对此，日本《土地征收法》第3条采用列举主义的方式，列出了可以采用征收或者使用土地房屋的项目。只有符合该条列举出的事项的项目，才允许采用征收土地房屋的方式。反之，即使被认为具有高度公共性的项目，只要未被列入第3条的范围，其也无法采用征收的方法取得土地和房屋。
但是，即使属于第3条所列出的各项项目，也并不是理所当然立即就可以进行征收。由于征收是将项目的公共性优先于财产权人的意思的制度安排，因此，对于在该项目之中是否存在具体的，必须要将征收土地和房屋的必要性付诸公共判断，即首先需要进行项目认定。通过项目认定程序，需要判断确定相关土地房屋、项目计划以及为此该项目只能征收或者使用相关土地房屋的公益性。
因此，进入项目认定程序之后，项目认定人就《土地征收法》第20条规定的认定要件进行审查。
(1)所审查的项目是否符合土地征收法第3条所列举的各项要求之一。
(2)在从事该项目方面，项目设立人是否具有充分的意思和能力。这里所谓的“意思”，是指具体的项目计划是否已经制作。所谓“能力”是指是否具有实施项目所必须的财政上的能力。
(3)项目规划是否有利于土地房屋合理且正当地使用。由于对于项目的实施而言，对土地房屋的征收属于不得不为，不可替代的方式，因此，必须审查有关项目选址、地形地质、土地使用状况、权利人的人数以及有关费用等方面是否具有特定的理由。
(4)征收或使用土地房屋是否存在公益上的必要性。这是对项目施行所涉及到的社会和经济效用方面的审查。
从判例的情况看，法院认为，项目认定人对项目是否符合上述四项要件进行审查，其中，作为项目认定人的行政机关对第(2)以及第(3)项要件的审查属于羁束裁量，对第(4)项的审查则属于自由裁量。 在著名的“日光太郎杉诉讼案”中，东京高等法院认为，在编制的涉及砍伐巨型杉树与变更地形的国道拓宽项目规划中，行政机关不当地轻视了本应重视的土地附近附着的各种文化价值以及环境保全方面的因素，其结果没有能够完善地考虑应该如何调整这些保全方面的要求和道路建设拓宽方面的必要性之间的关系，因此违反了《土地征收法》第20条第3项所规定的公正合理地利用土地的要求。这个判决尽管是针对土地和土地之上的树木的，但法院提出的判断要件是否成立的基准同样也适用于房屋征收。
3．项目认定的效果
对于相关的土地房屋所有权人而言，项目认定一旦作出，自项目认定的告示发布之日起，无论在义务还是在权利方面都因此发生新的变化。
在义务方面，土地房屋的权利人因此被课加了新的义务或者原有的权利受到了限制。具体而言，权利人(1)承担了土地房屋的保全义务。自项目认定告示发布之日起，任何人未经都道府县知事的许可，禁止在项目设立地上从事会导致土地房屋形态改变等明显影响项目运行的活动。(2)土地房屋的价格因此而被固定。现行的土地征收法采用了固定价格的“项目认定时主义”，即被征收土地房屋的补偿金的计算基准时，原则上以项目认定的告示发布时近邻类似土地的交易价格为准。具体的金额由该基准时的价格乘以自该时起至权利取得裁决时为止期间物价变动的修正率后得出。(3)损失补偿因此受到限制。通过项目认定，相应的土地房屋权利人因此受到来自项目实施的公共性方面的受忍义务，其自身变更土地房屋的形态，新建、改建或增建或者大修房屋时，事先需要得到都道府县知事的批准。否则不能请求相应部分财产的补偿。(4)土地房屋的权利关系人的范围也受到限制。项目认定之后，法律制度不保护该土地上新设置的权利，除了继承既存的权利之外，在项目认定告示发布之后取得新的权利者不被归入权利关系人范围，其不具有获得补偿的权利。
由于何时启动征收程序是由项目设立人单方面决定的，因此，为了保障被征收财产人的权利，《土地征收法》在征收程序中，赋予了土地房屋的权利人一定的程序性权利。针对土地补偿的项目认定时主义，如果项目设立人延迟启动征收程序，很可能因此侵害实体性的财产权，因此，该法律设置了两项程序性权利。一是土地房屋的权利关系人拥有裁决申请请求权。二是土地房屋的权利关系人拥有支付补偿金的请求权。与此相对应，项目设立人自项目认定公告发布之日起，负有将项目设立土地的表示图长期供公众自由查阅，以及采取广泛告知补偿情况的措施的义务。拆迁律师
